모피어스는 네오가 그인 줄 알았다. 그래서 네오를 구하려고 본인이 요원을 붙잡았다. 배신을 한 사이먼은 트리니티와 통화하면서 다른 팀원들의 머리에 꼽혀 있는 장치를 빼서 죽인다. 사이먼이 트리니티에게 “네오가 그라면 내가 죽겠지.”라고 말한다. 그런 다음 네오의 머리에 달린 장치를 뺀다. 결국 네오는 죽게 된다. 그 모습을 본 트리니티는 헉하면서 놀란다. 처음엔 네오가 죽은 게 믿기지 않는 듯 가만히 있다가 네오의 볼을 두드리며 네오의 이름을 부른다. 하지만 아무 대답 없는 네오. 사이먼은 “역시 네오는 그가 아니었어.”라고 말한다.

  그리고 “트리니티, 처음에 나는 너에게 아무 감정이 없었어. 그저 팀원이라고 생각했지. 그런데 네가 여자라는 남자보다 불리한 신체적인 조건에도 불구하고 세상을 구하기 위해 노력하는 모습에 점점 호감이 갔어. 그래서 좋아하게 되었고 지금까지 널 좋아해. 너는 나를 어떻게 생각해?”라고 물어본다. 트리니티는 “너.. 미쳤구나. 지금 동료들 배신하는 와중에 나 좋아한다고 고백하는 거야? 난 너 같은 배신자와는 사귈 생각이 전혀 없어!”라고 말한다. 그 말에 화가 난 듯 “알았어! 나의 고백을 거절한 걸 후회하게 해줄 거야. 너도 다른 동료들처럼 내 손에 죽게 될 거야!!"라고 말하면서 트리니티의 머리에 있는 장치를 빼려고 한다. 그 순간 탱크가 사이먼에게 전기 총을 쏴서 죽인다. 극적으로 살아난 트리니티.

가상세계 요원들은 시온의 위치와 비밀번호를 알아내기 위해 모피어스 머리에 장치를 심는다. 그 사실을 알게 된 탱크는 모피어스를 죽여야 한다고 얘기했다. 그러면서 “당신은 리더 그 이상이었죠.”라고 말하면서 모피어스 머리에 꼽혀 있던 장치를 빼려고 한다. 그런데 트리니티가 “네오도 죽은 마당에 모피어스라도 살려야 한다고 생각해. 나는 그를 구하러 가겠어.”라면서 요원들이 있는 곳으로 간다. 그전에 전기 총, 소형 다이너마이트, 총 등 싸우기 위해 필요한 도구들을 챙겨간다.

  모피어스를 구하고 지하철 내부에 있는 전화기로 트리니티가 먼저 시온으로 빠져나온다. 모피어스도 시온으로 빠져나오려고 전화기를 잡는 순간 요원이 다가와 전화기를 망가뜨린다. 그리고 곧장 모피어스의 머리에 총을 들이대고 쏜다. 결국 죽게 된 모피어스. 트리니티는 모피어스가 맨 처음 가상세계에서 빠져나온 것, 시온을 창시한 것을 생각하다가 모피어스가 그인 거 같다는 생각을 한다. 그렇게 생각이 든 후 죽은 모피어스에게 다가가 “오라클은 내가 사랑하게 되는 사람이 그라고 했어. 나는 네가 그라고 생각해.”라고 말한다. 그리고 이마를 맞대며 “사랑해, 모피어스”라고 말한다. 사랑한다는 말에 모피어스가 깨어난다.

 

  강화된 모피어스는 능력치가 더욱 상승해서 결국 요원 한 명을 찢어 죽인다. 찢겨 죽는 요원을 본 다른 요원들은 도망가기 시작한다. 그때 센티널들이 위치를 알게 되고 시온에 있는 사람들을 죽이려고 하자 모피어스를 부르고 EMP를 누른다. 극적으로 돌아온 모피어스. 탱크와 트리니티는 모피어스가 그였다면서 그에게 세상을 구해줘서 고맙다고 얘기한다.