현 文정부에서 이명박 전대통령이 실시한 국가 사업인 4대강 감사를 하라는 지시를 내렸었다.     이에 이명박 측에서는 4대강 감사는 이미 세차례나 감사를 했다며 정치적 시빗거리를 만들지 말라라는 주장을 내세우고 있다. 하지만 대다수의 언론은 이명박 정부의 치적사업이고 감사는 세 번 이였지만 실질적인 감사는 한번뿐이었라고 보도를 하였으며, 이명박 정부때의 감사는 감사라고 말을 할 수가 없으며 박근혜 정부때 실시하였던 감사의 경우 4대강 사업을 비호하거나 하기 위한 감사가 아닌 건설업자와의 정경유착 정황과 담합의혹에 집중을 했던 것이다.

하지만 文정부에서는 그런 비리에 관련되어 조사하는 것이 아닌 현재 4대강에서 녹조현상이 심화되어지고 있는 수질과 생태계가 명백한 위기로 내몰리고 있는 현황이기에 강경하게 감사를 할 것이라고 지시를 내린 것이다. 이에 또한 어느 학자의 경우 4대강에 직접적으로 매년 찾아가 그 물을 마셔봄으로써 몸에 어떠한 영향을 끼치는 가와 이에 따른 피해현화을 찾는 등 4대강 사업에 관련되어 부정적인 견해를 내세우고 있다. 4대강 사업에 관련되어 문재인 대통령의 지시사항은 우선, 녹조가 본격 발생할 시기가 현재 오고 있다. 그렇기에 녹조가 심화될 경우 농업용수로도 못쓰게 되기에 농업용수가 부족하지 않을 수준으로 4대강의 일부 보를 개방하라는 것 향후의 상황을 봐가면서 보를 열것인지 말것인지에 대해 응급조치를 취한것이며, 두 번째의 경우 근원적으로 4대강 사업으로 인해서 만들어진 보와 유속 등등 녹조에 영향을 미치는 요소들을 누구 한사람이 지금 부족한 정보를 가지고 주관적으로 평가해서 정책을 결정할 수는 없기에 보를 만들어 놓은 현재의 4대강의 생태가 지속가능한가에 대해 지시를 내린 것이라고 볼 수 있다.